煤炭对人体健康的影响体现在两个环节：煤炭生产导致人员死亡和职业性损伤；以及煤炭消费导致的大气污染，特别是PM2.5对健康的影响。2013年全国煤矿共发生各类事故604起、死亡1067人；而煤炭行业由尘肺病引发的矿工伤亡人数，远远高于各类工伤事故伤亡人数的总和：2012年中国共报告尘肺病新病例24206例，占职业病总例数的88.27%， 其中54.52% 出自煤炭行业。
美国癌症协会的研究表明， PM2.5每增加10 µg/m³，总死亡率、心肺疾病死亡率和癌症死亡率分别升高4%、6%和8%；与在清洁城市生活相比较，在污染严重城市生活的人群患肺癌的风险高10-15%。中国大约70%的人口生活在PM2.5年均值高于35 µg/m³的地区。本研究估算得出，我国2012年因煤PM2.5排放导致的超额死亡人数约为67万，因缺血性心脏病、脑卒中、慢性阻塞性肺疾病和肺癌的超额死亡人数分别为8.4万、17万、34万和6.5万。
除了以上对水、生态、大气环境和人体健康的影响以外，煤炭在生产和消费过程中还产生大量的温室气体，如煤炭开采过程中的甲烷排放、煤炭运输过程中的交通排放及煤炭消费过程中的二氧化碳和黑碳排放等。本研究表明，吨煤生产、运输和消费全周期的温室气体排放为2.179吨二氧化碳当量，其中95%左右发生在消费环节。采用目前主流模型对全球碳社会成本的估计，则我国吨煤生产、运输和消费产生温室气体的社会成本低限为160.8元/吨煤。
图：煤炭生产、运输及消费的真实成本估算
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来源：《2012煤炭的真实成本》报告
将不同领域的损害进行了货币化和加总，结果显示，按目前中国煤炭生产、运输和消费的技术及末端治理情况估计，我国2012年吨煤产生的环境和健康影响为260元，其中煤炭生产的外部损害成本为66.3元/吨煤，约占25%；煤炭运输的外部损害成本为27.8元/吨煤，约占11%；煤炭消费的外部损害成本为166元/吨煤，约占64%。